參與國際C4水稻研究計畫
本中心成員賀端華院士團隊參與蓋茲基金會支持之國際C4水稻計畫，與澳洲國立大學、馬克斯．普朗克研究所、劍橋、牛津及華盛頓州立大學等合作，研發具C4光合作用水稻以提升產量與耐受度以因應氣候變遷與糧食安全(2019–2026)。
與沙烏地阿拉伯KAUST合作開發促進植物逆境耐受性之生長調節劑
本中心成員賀端華院士團隊與沙國阿卜杜拉國王科技大學(KAUST)合作，結合GWAS與表型分析等方法，解析植物zaxinone與ABA在逆境反應下之調控機制與交互作用，提升植物逆境之耐受性，促進作物改良與永續農業(2023-2026)。
參與國際木薯供源積儲(Cassava Sink-Source, CASS)計畫
本中心成員Wilhelm Gruissem玉山學者與瑞士蘇黎世聯邦理工學院和芬蘭赫爾辛基大學共同合作參與木薯供源積儲(Cassava Sink-Source, CASS)計畫，進行提升木薯貯藏根產量及澱粉生產效率之研究(2024-2029)。
與菲律賓國際水稻研究所合作水稻營養之強化改良研究
本中心成員Wilhelm Gruissem玉山學者與菲律賓國際水稻研究所共同合作研究提升水稻微量營養素含量之改良策略計畫(2024-2027)。
與日本岡山大學(Okayama University)合作基因編輯病毒載體之開發
本中心成員黃纓雯助理教授團隊與日本岡山大學(Okayama University)合作利用狐尾黍花葉病毒(Foxtail Mosaic Virus)開發病毒載體應用於大麥中進行高效率且非轉基因之基因體編輯技術(2025)。
與泰國農業大學(KU)合作耐寒性狀關鍵基因研究
本中心成員高崇峰副教授團隊與泰國農業大學(Kasetsart University)合作，聚焦於大豆耐寒關鍵基因選拔與功能驗證，建立耐寒改良分子基礎，推動作物逆境耐受性育種應用(2025)。
與奧地利科學技術研究院(ISTA)進行植物生長素研究
本中心成員唐涵助理教授團隊與奧地利科學技術研究院（IST Austria）Dr. Jiří Friml合作，探討生長素及其傳輸膜蛋白於植物幹細胞再生中的功能與調控機制，深化對生長素動態調控之理解(2022–2025)。
臺越跨國農業技術合作，推動木瓜產業升級
2025 年 12 月 1 日，本中心葉錫東院士與 越南 Papaya Tech Asia Co., Ltd. 正式簽署技術授權合約。儀式更由長期合作夥伴—越南國家農業科學院（VAAS）院長 Dr. Nguyễn Hồng Sơn 親臨，與詹富智校長共同見證，象徵臺越農業科技合作跨入全新里程碑。
未來將整合本校成熟的組織培養、疫苗保護、病害管理與自動化栽培技術，協助越南建構現代化木瓜產業體系，深化與越南產業界的鏈結，推動更多跨國合作計畫，讓臺灣農業生技研發能量在國際市場創造更具韌性的農業價值。
